Sampel jaringan pada umumnya disimpan sebagai sampel FFPE agar dapat bertahan dalam jangka waktu yang lama. Jaringan FFPE menjadi sumber bahan yang penting untuk penelitian patologi molekuler, karena dapat menyimpan materi genetik baik DNA maupun RNA. Materi genetik didapatkan dari jaringan FFPE melalui proses ekstraksi. Masalah tersulit pada saat ekstraksi DNA / RNA dari sediaan blok parafin adalah terjadinya degradasi DNA, ikatan silang protein yang berdampak pada hasil analisa genom. Ekstraksi potongan blok parafin dilakukan dengan teknik dobel metode fenol khlorofom dan salting out. Hasil ekstraksi dibaca nilai kemurnian dan konsentrasinya dengan alat Nanodrop spektrofotometer 2000. Hasil data dari parameter kemurnian DNA memiliki nilai terkecil dan terbesar yaitu 1.23 dan 1.28. Nilai tersebut berada di bawah standar kemurnian DNA yaitu 1.8-2.0. Sedangkan parameter konsentrasi DNA menunjukkan rata-rata nilai sebanyak 48.77, 61.98, dan 64.4 ng/μl. Standar nilai parameter konsentrasi DNA berada pada nilai ≥ 60 ng/μl. Maka nilai kualitas ektstrak DNA berada dibawah nilai standar, tetapi nilai konsentrasi DNA cukup baik pada potongan blok parafin berukuran 15 dan 20 μm.

Referensi :

Atanesyan, L. S. (2017). Optimal fixation conditions and DNA extraction methods for MPLA analysis on FFPE tissue-derived DNA. American journal of clinical pathology, 147(1) , 60-68.

Aulia, R. S. (2017). Hubungan Metode Deparafinisasi degan Kuantitas dan Kualitas Ekstrak DNA Hasil Isolasi dari Sampel Arsip Jaringan dalam Blok Parafin Terfiksasi Formalin. Jurnal Kedokteran dan Kesehatan UNSRI, 4(1) .

Bunu, S. J. (2020). Determination of serum DNA purity among patients undergoing antiretroviral therapy usingNanoDrop-1000 spectrophotometer and polymerase chain reaction. Biomedical and Biotechnology Research Journal (BBRJ). 4(3) , 214.

Einaga, N. Y. (2017). Assessment of the quality of DNA from various formalin-fixed parafin-embedded (FFPE) tissues and the use of this DNA for next-generation sequencing (NGS) with no artifactual mutations . PloS one, 12(5) , e0176280.

Oleh : Dimina Nusfiana Windarsari

Pembimbing : Andita Ayu Mandasari, S.Si., M. Biotech & Setyo Dwi Santoso, S.Si., M.Si.